高通量测序（High?Throughput Sequencing，HTS）技术近年来在动物疾病诊断和分子 流行病学研究中得到广泛应用。在规模化养猪生产中，呼吸道疾病、腹泻及繁殖障碍等综合征 常由多种病原体共同感染，而传统靶向检测方法难以全面解析复杂病原谱。HTS通过对样本 核酸进行大规模并行测序，可实现病原体的无偏识别，并获得高分辨率基因组信息，在新发病 原发现、混合感染解析、病毒遗传变异分析及疫情溯源等方面具有重要优势。该文综述了高通 量测序在猪病病毒检测中的研究进展，重点介绍全基因组测序（Whole?Genome Sequencing， WGS）、宏基因组测序（Metagenomic Next?Generation Sequencing，mNGS）和靶向高通量测序 （Targeted Next?Generation Sequencing，tNGS）三种技术策略及其在重要猪病病毒检测中的应 用，并对其在猪群疫病监测与精准防控中的应用前景进行了展望。

为查明导致云南省马龙县某规模化肉牛场饲养西门塔尔肉牛发病死亡的病因，对送检病死牛肺脏组织进行部分牛病毒病（病毒性腹泻病毒、冠状病毒、腺病毒3型、腺病毒7型、呼吸道合胞体病毒和流行热病毒）和细菌病（牛支原体和多杀巴氏杆菌）PCR检测，并进行细菌分离纯化、革兰氏染色、生化鉴定及药敏试验。结果显示，被检牛病毒核酸和细菌PCR检测结果均为阴性；分离纯化得到的细菌为革兰氏阴性短杆菌，经生化鉴定为溶血性曼海姆菌，该细菌对多粘菌素B敏感，对大观霉素、氯霉素、头孢哌酮、头孢噻肟、米诺环素、头孢曲松、头孢他啶和头孢呋辛耐药。该试验研究结果可为动物“运输热”（牛溶血性曼海姆菌单纯或混合感染）的有效诊疗及防治提供理论参考。

为精准检测F亚群禽白血病病毒（ALV?F），该研究针对ALV?F流行毒株env 基因设 计了一对特异性引物F1/F2，建立了ALV?F的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法。条件优 化试验结果显示，该方法最适退火温度为64.5 ℃，最适引物浓度为0.4 μM。利用最适反应条 件建立的标准曲线方程为y=-3.303x+42.525，R2=0.997，扩增效率E=100.8%，重组质粒标准品 拷贝数与Ct 值具有良好的线性关系。特异性试验结果表明，该方法仅能特异性检测ALV?F， 对ALV?A、ALV?B、ALV?J、ALV?K、禽流感病毒（AIV）、马立克病毒（MDV）、网状内皮组织增生病 病毒（REV）和鸡传染性贫血病病毒（CIAV）无交叉反应；敏感试验结果表明，该方法最低检测限 度为4.67×102拷贝/μL，敏感性是普通PCR 的1 000倍；稳定性试验结果表明，批间和批内稳定 性试验的变异系数均小于2%。利用该方法、ALV p27 ELISA和普通PCR方法分别对23份七彩 山鸡胚所制备的原代细胞（PEF）样品进行检测，结果显示该方法和普通PCR方法阳性检出率 均为95.65%（22/23），而ALV p27 ELISA阳性检出率仅为39.13%（9/23），该方法与普通PCR总 符合率为100%，与ALV p27 ELISA总符合率为43.48%；进一步利用该方法、病毒分离法（结合 ALV p27 ELISA）和普通PCR方法分别对20份七彩山鸡抗凝血样品进行检测，结果显示该方法 和普通PCR 方法阳性检出率分别为100.00%（20/20）和75.00%（15/20），两者总符合率为 75.00%，而病毒分离法阳性检出率为0.00%（0/20）。本研究建立的方法具有良好的特异性、敏 感性和稳定性，能够有效检测临床样品，可以为ALV?F的精准检测提供技术支持。

为了解广东地区规模化种鸡场禽戊型肝炎病毒（avian hepatitis E virus，aHEV）的流行 情况，在2020年5月至2021年1月期间，从广东地区7个规模化种鸡场（A～G）的祖代和父母代 鸡群（25周龄以上）随机采集血清样本325份、新鲜死淘鸡的组织样本（肝脏和脾脏）134份。利用 商品化的aHEV抗体试剂盒检测血清样本，采用SYBR GreenI荧光定量PCR检测组织样本中的aHEV。 结果显示：血清样本中aHEV抗体的个体阳性率为0.0～36.0%，组织样本中aHEV核酸个体阳性 率为0.0～25.0%；基于aHEV的部分ORF2基因的遗传进化分析表明，B、C、D场的aHEV属于基因 3型aHEV，A场的aHEV在单独的进化分支上。结果表明，广东地区有部分种鸡场已有aHEV感 染，需要加强对aHEV的监测。