高通量测序（High?Throughput Sequencing，HTS）技术近年来在动物疾病诊断和分子 流行病学研究中得到广泛应用。在规模化养猪生产中，呼吸道疾病、腹泻及繁殖障碍等综合征 常由多种病原体共同感染，而传统靶向检测方法难以全面解析复杂病原谱。HTS通过对样本 核酸进行大规模并行测序，可实现病原体的无偏识别，并获得高分辨率基因组信息，在新发病 原发现、混合感染解析、病毒遗传变异分析及疫情溯源等方面具有重要优势。该文综述了高通 量测序在猪病病毒检测中的研究进展，重点介绍全基因组测序（Whole?Genome Sequencing， WGS）、宏基因组测序（Metagenomic Next?Generation Sequencing，mNGS）和靶向高通量测序 （Targeted Next?Generation Sequencing，tNGS）三种技术策略及其在重要猪病病毒检测中的应 用，并对其在猪群疫病监测与精准防控中的应用前景进行了展望。